나루토

츠나데는 한 영주의 다기를 훔쳐간 도둑 고슨쿠기를 잡아오라는 임무를 내리고 나루토는 좀도둑 잡는 시시한 임무라며 툴툴거린다. 마침내 고슨쿠기가 숨어있다는 돌의 나라에 도착한 나루토와 키바, 히나타는 곳곳에 붙어있는 고슨쿠기의 현상수배포스터를 본다. 그리고 술집에 들어간 아이들은 술집에 있던 불량배와 시비가 붙고 한 남자가 아이들을 구해준다. 자신을 현상금 사냥꾼이라고 소개한 남자는 고슨쿠기를 잡기 위해 나뭇잎마을에서 온 닌자라는 아이들의 말에 아이들을 마을 밖으로 유인해서 정신을 잃게 만든다. 정신을 차린 아이들은 고슨쿠기를 찾아 뒤를 쫓고 남자는 고슨쿠기를 만나 공격하지만 고슨쿠기에 당하고 아이들은 남자를 구하지만 그가 일가족을 살해해 수배중이라는 포스터를 보고 깜짝 놀란다.

깨어난 사자나미는 자신의 과거사를 털어놓는다. 작은 마을의 대장장이로 살다가 축제날 주문받은 칼을 전해주러 갔다가 고슨쿠기와 마주친 일, 고슨쿠기가 저지른 죄를 뒤집어쓰고 마을 떠난 고슨쿠기를 잡아 누명을 벗기 위해 현상금사냥꾼이 되었다는 얘기를 털어놓는다. 그리고 고슨쿠기를 양보해주겠냐고 하지만 아이들은 거절하고 고슨쿠기를 뒤쫓는다. 분신에게 유인당한 아이들은 고슨쿠기가 오케이절의 황금종을 훔쳐 달아나는 것을 보고 뒤쫓는다. 아이들을 따돌린 고슨쿠기는 사자나미에게 잡히지만 사자나미는 자신을 뒤쫓던 가츠라는 현상금사냥꾼에게 잡히고 만다. 하지만 가츠의 도움으로 사자나미는 누명을 벗고 무죄를 입증한다.

가이와 리가 원정임무를 떠나는 날, 나뭇잎마을의 기밀문서를 빼내 마을의 영웅이 되어서 되겠다는 꿈을 가진 어설픈 두 닌자 몬다이와 폿챠가 가이와 리로 변장해서 마을로 잠입한다. 어설픈 변장 탓에 모두 가이와 리가 아니란 걸 알아보지만 둘은 그 사실을 꿈에도 모른 채 마을을 돌아다니고 결국 이 사실은 츠나데의 귀에까지 들어간다. 한편 나루토는 둘을 가이와 리로 착각해서 같이 체술수행을 하자고 졸라대고 결국 둘은 허락하고 만다. 그러던 중 텐텐이 나타나 세 사람을 농가로 보내고 둘은 거머리에 피를 빨리며 모내기를 하고 거름까지 뒤집어쓴다. 그 후 사쿠라가 나타나 바람에 날아간 빨래를 찾아달라는 통에 고생을 한다. 마지막으로 츠나데까지 나타나 감기에 걸린 카츠유를 돌봐달라고 하고 카츠유의 콧물에 혼줄이 난다. 결국 모든 것을 포기하고 마을을 빠져나가려 하지만 가이와 리를 만나 공격 한방에 날려가고 만다.

새의 나라라는 가난한 먼 나라에서 유령을 퇴치해달라며 찾아온 치시마, 츠나데는 자기 돈까지 털털 털어 부탁하는 치시마 탓에 할 수 없이 의뢰를 받아들인다. 나루토는 돈이 없어 라면가게 근처를 어슬렁거리던 치시마를 만나 라면을 사주고 친구인 영주를 걱정하는 모습에 임무를 맡겠다고 나서지만 유령 얘기에 겁을 먹는다. 텐텐 네지와 함께 길을 나선 나루토는, 현 영주인 치시마의 친구 사기는 아버지의 의문의 죽음 이후 책사 코메이의 방해로 힘들게 영주에 취임했고 그 후 여동생마저 죽은 뒤 실의에 빠졌으면 저주받은 무사라는 유령은 선대 영주라는 소문이 돈다는 얘기를 듣고 저주받은 무사의 뒤에 코메이가 있다고 확신한다. 마을에 도착한 아이들은 저주받은 무사와 마주치고 쓰러진 갑옷 안이 텅 빈 것을 보고 깜짝 놀란다.

아이들은 모소의 집으로 찾아가고 모소는 반드시 무사의 정체를 밝혀달라며 정중히 부탁한다. 아이들은 무사의 출현에 대해 얘기하며 모든 것이 코메이의 짓이라 결론내리고 사기를 만나기 위해 사기의 추억의 장소로 향한다. 호수에서 여동생과의 추억을 되새기는 사기, 하지만 자객이 나타나 사기를 해치려 하고 사기는 아이들의 도움으로 목숨을 구한다. 그러나 사기는 아이들과 치시마에게 차갑게 대하고 치시마는 아버지와 여동생의 죽음으로 사기가 변했다고 말한다. 자객들이 던진 수리검이 코메이가 이끄는 근위병이 쓰는 것임을 알고 아이들은 코메이가 범인이라 확신하고 코메이의 집으로 가 어디론가 향하는 코메이를 뒤쫓는다. 코메이가 무사와 마주치는 순간, 무사에게서 이전과는 달리 인간의 기척이 느껴지지만 쓰러트린 후 열어본 갑옷 안은 다시 비어있다. 코메이는 체포당하고 네지는 무사는 둘이라는 결론을 내린다.

모소는 코메이가 자백했으니 사건이 다 해결되었다며 모두 돌아가라고 하지만 납즉할 수 없다며 나루토는 의문을 제기한다. 만류하던 네지도 나루토의 말에 일리가 있다며 재조사에 응하고 나루토는 무사가 나왔던 낡은 사당으로 간다. 소환술로 불러낸 가마키치, 가마타츠와 함께 사당을 둘러보던 나루토는 검은 연을 발견해 하늘을 나는 무사의 비밀을 푼다. 또 비밀통로를 발견해 그 통로를 따라가자 영주의 집으로 나온다. 영주의 집에서 들킨 나루토는 지하감옥에 갇히고 그 곳에서 저주받은 무사의 정체가 사기라는 사실을 알게 된다. 사기는 복수를 하기 위해서 죽어도 좋다며 비밀을 아는 나루토를 죽이겠다고 한다. 한편 영주의 묘에 간 네지와 텐텐은 선대 영주가 독살됐음을 눈치채고 영주의 병사에게 쫓기다 카카시와 마주친다. 하지만 카카시는 나루토를 구하러 가자는 말에 냉정하게 임무 이외의 일은 하지 말라고 한다.

카카시는 아이들에게 마을로 돌아갈 것을 명하고 이를 몰래 지켜보던 닌자는 이들을 뒤쫓는다. 하지만 카카시는 바꿔치기술로 이를 따돌린다. 모소는 코메이를 반역자로 칭하며 처형하려 하지만 저주받은 무사가 나타나 코메이를 데려가고 병사로 변장했던 카카시와 아이들도 이를 뒤쫓는다. 카카시는 추적자를 눈치채고 아이들을 보내고 혼자 남고 아이들은 무사를 쫓아 사당으로 간다. 카카시는 특이한 술법을 가진 닌자 나가레와 맞붙고 아이들은 사당의 지하통로를 들어간다. 아이들과 코메이를 데려온 무사는 나루토로 부상을 입고 쫓아온 치사마의 말에 모든 사실을 알게 된 나루토가 코메이를 구하러 갔던 것. 사기는 코메이에게 사과의 말을 전하고 자기 손으로 원한을 갚겠다며 다짐한다.

복수를 다짐하는 사기를 본 나루토는 사스케를 떠올리고 말리려하지만 사기는 나루토일행을 가두고 떠나고 나가레는 결국 카카시의 손에 쓰러진다. 한편 사기의 죽음 후 복수를 위해 사기행세를 했던 토키는 저주받은 무사로 변장해서 모소를 치러 가지만 잡히고 정체까지 발각된다. 뒤이어 쫓아온 나루토일행이 위기에서 토키를 구해내지만 덕망높은 모소로 가장했던 떠돌이닌자의 우두머리 호키는 떠돌이닌자로 떠돌며 훔쳐낸 술법과 속임수로 눈을 돌리게 한 후 토키를 데려간다. 뒤이어 쫓아간 나루토는 병풍에서 나온 배를 타고 병풍속의 세계로 들어간다.

모소의 환술에 홀려 위험에 빠졌던 나루토는 치시마덕에 정신을 차리고 토키를 인질로 잡고 있던 모소는 떠돌이닌자의 우두머리인 자신, 호키의 본모습을 드러내고 나루토를 공격한다. 하지만 치시마가 대신 공격을 받고 쓰러지며 토키를 지켜달라고 한다. 나루토는 호키를 공격하다 물에 빠지고 그 곳에서 사기의 영혼을 만난다. 사기는 토키가 복수가 아니라 새의 나라를 맡아주길 원했다며 멈춰버린 시간을 다시 움직여달라고 부탁한다. 물밖으로 나온 나루토는 그림자분신으로 호키를 쓰러트리고 토키에게 사기의 얘기를 전해준다. 그 후 토키는 다시 영주의 자리에 올라 새의 나라를 잘 다스릴 것을 다짐한다.

쵸지와 라면을 먹으러 간 나루토는 가게문을 닫고 라면을 끓이는 라면집 주인 테우치와 마주친다. 새 라면을 맛본 두 사람은 수프는 훌륭하지만 면이 별로라고 평하고 테우치는 핫카쿠라는 요리닌자가 환상의 요리법을 요구하며 딸인 아야메를 데려가서 새 메뉴를 개발중이었다고 한다. 아이들은 아야메를 되찾기 위해 테우치로부터 면 뽑기를 배운다. 다음날 대결이 시작되고 첫 번째 반죽을 망친 나루토는 번째 반죽을 닌자스타일로 해서 쫄깃한 면을 뽑아내는데 성공하고 결국 요리닌자들은 항복한다. 그리고 요리닌자가 살아남기 위해 테우치가 가지고 있다는 환상의 요리법이 필요했다고 하지만 그 요리법이 그저 국물의 쓴맛 없애는 요리법일 뿐이란 것을 알고 절망한다. 한편 요리닌자의 맛있는 요리를 먹고 살이 찐 아야메는 테우치가 개발한 다이어트라면 덕에 다시 날씬해지지만 테우치는 뼈만 남은 꼴이 되고 만다.

나루토는 앙코를 따라 시노 이노와 함께 해마를 퇴치하고 현금수송선을 경호하라는 임무를 맡도 바다의 나라로 떠난다. 한편 오로치마루를 따랐던 앙코는 어린 시절 오로치마루가 지워버린 기억 때문에 괴로워한다. 바다의 나라로 가기 위해 바닷마을로 온 아이들은 그 곳에서 바다의 나라의 중심인 엄마섬에 산다는 소녀 이사리비를 만난다. 이사리비는 많은 사람들과 실종됐다가 혼자 나타나는 바람에 마을 사람들에 섞이지 못 하고 혼자 살아가는 소녀다. 해마 때문에 배를 태워줄 수 없다는 말에 아이들은 배를 빌리고 밤바다를 배로 건넌다. 하지만 미스미와 요로이의 공격을 받아 배는 침몰하고 나루토는 혼자 바다에 빠지고 만다. 그리고 어디선가 헤엄쳐온 이사리비가 나루토를 구해낸다.

나루토를 찾지 못 한 앙코와 시노는 일단 숙소로 가고 오로치마루는 자신을 위해 실험중이라는 아마치라는 사내를 만난다. 한편 바다의 나라측은 현금수송선의 출발이 내일로 앞당겨졌다고 얘기한다. 나루토는 이사리비가 구해준 것을 알고 살갑게 대하지만 이사리비는 냉담하고 동네 아이들의 장난에서 구해줘도 차갑기만 하다. 한편 나루토를 찾아 다니던 이노와 시노는 마을 주민들로부터 귀계섬과 귀신놀음이 상관있다는 얘기를 듣고 이사리비의 집으로 향한다. 어디론가 향하는 이사리비의 뒤를 쫓던 앙코와 이노 시노는 이상한 몸으로 변한 이사리비를 해마로 간주하고 생포한다. 앙코는 이사리비를 보고 10년 전 오로치마루가 지워버린 자신의 기억 속에서 오로치마루의 실험을 기억해낸다. 한편 달려온 나루토는 이노가 잡은 해마가 이사리비란 것을 눈치채지만 요로이가 나타나 이사리비를 데리고 사라진다.

나루토는 이사리비가 자신을 구해줬다며 역성을 들지만 아이들은 귀 기울이려 하지 않는다. 한편 기절했다가 눈을 뜬 앙코는 사건의 범인은 해마가 아니고 오로치마루의 실험시설에서 생체실험을 통해 몸을 변형시킨 것이라고 인간이라 말하고 함께 귀계섬으로 향한다. 귀계섬에 도착한 앙코와 아이들은 기다리고 있던 닌자와 괴생물체의 습격을 받는다. 나루토는 아마치로부터 수중닌자부대를 만들기 위해 생체시험을 했다는 말에 아마치를 해치우려 하지만 이사리비는 다시 인간으로 돌아가고 싶다며 나루토를 막고 아마치는 이사리비와 함께 떠난다. 무너지는 건물에 갇힌 나루토와 아이들은 출구를 찾아 달린다.

겨우 빠져나온 아이들은 현금수송선에 타기 위해 항구로 향하지만 현금수송선은 해마를 퇴치했다는 거짓전갈을 받고 출발하지만 결국 이사리비와 아마치를 만나 위기에 처한다. 뒤늦게 나루토 일행이 나타나고 나루토는 이사리비를 말리지만 이사리비는 다시 인간이 될 수만 있다면 누가 죽든 말든 상관없다고 한다. 이상한 약품으로 앙코는 정신을 잃고 아마치는 자신도 이상한 모습으로 변신한다. 이사리비에게 해부자료로 쓰려고 했다는 아마치의 말에 나루토는 분노하지만 아마치의 공격에 번번히 당하고 아마치가 불러낸 괴물에 잡힌다. 이사리비는 아마치의 말에 나루토를 공격하려 하고 앙코는 이사리비에게 구미호에 얽힌 나루토의 비밀을 알려주고 나루토 안의 구미호의 본성이 깨어난다.

이노와 시노는 힘을 합쳐서 요로이를 해치운다. 도망가려던 아마치는 붙잡히지만 바다괴물이 다시 살아나 공격하고 나루토는 가마분타를 불러내지만 바닷물에 몸이 가려운 가마분타는 화를 낸다. 그러나 자신을 무시하는 아마치의 말에 화가 난 가마분타는 나루토와 힘을 합쳐 바다괴물을 처치한다. 이사리비는 나루토를 해치라는 아마치의 말을 거절하고 앙코는 아마치에게 오로치마루가 어디 갔는지를 묻지만 모른다고 대답한다. 앙코는 잃어버린 기억을 되찾기 위해 둘째섬으로 향하고 그 곳에서 주인을 남긴 열명의 아이 중 자신만이 살아남았고 자신은 오로치마루에게 버려진 것이 아니라 같이 가자는 오로치마루를 스스로 거절했다는 것을 기억해내고 기뻐한다. 나루토는 앙코와 아이들 그리고 이사리비와 함께 나뭇잎마을로 향한다.

나루토는 요인이라는 말에 신나서 임무를 맡겠다고 하지만 그 임무가 자신이 생각하던 요인경호가 아니라 닌자를 동경하는 버릇없는 부잣집 꼬마의 1일 닌자체험놀이를 봐주는 일이란 것에 치를 떤다. 여느 때처럼 D등급 임무를 수행하는 나루토곁에서 버릇없는 꼬마는 돈으로 경호원들을 마구 부리고 친구도 돈으로 사면 된다고 한다. 나루토는 꼬마에게 돈 쓰지 않고 자기 힘으로 원하는 것을 손에 얻는 법을 가르쳐주려고 하고 잘 따르던 아이는 그만 돈을 노리는 악당들에게 잡히고 경호원들은 돈을 쫓아 꼬마를 배신한다. 나루토와 도망친 꼬마는 나루토가 위험한 순간에 용기를 내서 나루토를 구하고 돈이 다가 아니라는 사실을 깨닫는다.

임무 없는 생활에 지루해하던 나루토와 키바는 츠나데가 부른다는 말에 신나게 달려간다. 츠나데는 자신의 지인이라는 아가리가 의뢰한 보물 찾기를 하라면서 세사람의 임무성공률이 낮다며 실패하는 경우 닌자학교로 돌려보내겠다고 한다. 나루토와 키바는 서로 상대 탓이라며 싸우고 나루토는 자기가 선택한 길을 맞다며 키바와 따로 다니다 고생만 한다. 그러다 종유동굴을 발견하고 키바의 만류에도 불구 동굴에 들어갔다가 동굴 붕괴를 겪는다. 이 일로 히나타는 다리를 다치고 키바는 아카마루와 둘이 보물을 찾아오겠다고 떠나고 남아있던 나루토는 불시의 공격으로 정신을 잃는다. 정신을 차려보니 히나타가 둘이고 당황한 나루토 앞에 아가리와 자신의 가짜까지 나타난다. 가짜 히나타와 가짜 나루토는 키바에게 가고 키바까지 잡아온다. 그리고 키바얼굴까지 베낀 세 명의 가짜는 나뭇잎마을로 가서 엉망으로 만들 것이라과 경고한다.

아가리와 가짜일행은 동굴에 기폭찰을 설치한채로 동굴을 떠난다. 나루토와 키바는 또 빠져나갈 방법에 대해 얘기하며 싸움을 벌이고 히나타가 수호팔괘로 폭발로부터 아이들을 지켜낸다. 억지로 부상을 티내지 않고 따라가려던 히나타를 본 나루토와 키바는 지나치게 둘을 의식하는 히나타와 너무 솔직한 말로 싸움을 벌이는 자신들의 문제를 깨닫고 히나타를 두고 먼저 출발한다. 하지만 이미 가짜들은 감쪽같이 마을로 들어간 상황, 이 소식은 급히 츠나데에게 보고된다. 나루토와 키바는 가짜들을 찾아내지만 생각외로 약한 그들에게 놀라고 가짜 나루토가 깔아놓은 외상값 때문에 나루토는 혼쭐이 난다. 결국 가짜를 잡는데 성공하지만 그것이 팀웍을 알아보기 위한 시험이었다는 얘기에 모두 깜짝 놀란다. 그리고 나루토가 가져온 가방을 열어본 츠나데는 시험을 함께 한 일족이 발급한 청구서를 보고 절규한다.

임무를 수행하고 돌아가던 나루토는 우연히 파발닌자를 만나게 된다. 그리고 잠시 들린 온천마을에서 지라이야를 만나는데 원고를 쓰기 위해 체류중이던 지라이야는 아카츠키 멤버가 모레 오기로 했다며 수행을 하자는 말에 시간이 없다고 거절한다. 결국 나루토는 멋대로 원고를 쓰고 파발닌자에게 출판사로 보내달라고 전하는데 이 과정에서 그만 다른 파발닌자와 내용물이 바뀌고 만다. 원고를 멋대로 써서 보냈다는 말에 화가 난 지라이야는 나루토와 파발닌자를 쫓아 우편물을 뺏지만 거기에 전운이 감도는 두 나라에 전쟁을 막을 화친의 밀서가 있음을 알고 다시 우편물을 바꾸기 위해 어금니의 나라로 가는 닌자를 다시 찾아나선다. 가까스로 따라잡지만 파발닌자와 동료들은 우편물을 전하기 위해 안간힘을 쓰고 결국 우편물이 전달되고 만다. 하지만 러브러브 시리즈 원고를 본 영주는 기분이 좋아져서 전쟁을 그만두고 화해를 결정하고 두 사람은 넋이 나간다.

100년 전 별이 떨어진 별마을에서 의뢰가 들어온다. 차크라에 영향을 주는 별을 노리는 자가 있기 때문. 나루토는 사스케에 대한 정보를 얻을까 하는 마음에 네지 리 텐텐으로 결정된 팀에 츠나데에게 뇌물로 양갱을 주고 따라나선다. 독가스에 당하지 않도록 별마을에서 마중나온 소년 스마루는 마을 수장에게 아이들을 안내하고 호시카게의 대리라는 아카호시와의 대화 중 스마루는 외부사람에 대한 적의와 마을을 일으킬 강한 열망을 드러낸다. 스마루는 나루토와 별이 있는 수행장으로 향하고 별을 훔쳐나오는 사람을 발견한다. 나루토가 쫓아가지만 스마루와 똑같은 인법을 쓴 사람은 별을 가지고 달아나고 스마루는 그 인법은 별의 수행을 한 사람만 쓸 수 있는 인법이라고 말한다.

스마루와 아이들은 별의 도난사실을 아카호시에게 알린다. 별을 가져간 자가 공작묘법을 썼다는 말에 반응을 보이는 아카호시를 본 네지는 뭔가 내막이 있음을 직감하고 리와 텐텐에게 아카호시를 감시하라고 한다. 나루토는 별마을 아이들을 찾아가지만 모두 스마루와 별을 찾아 나갔다는 얘기와 10년 전 스마루의 부모가 별을 지키다 죽음을 맞았다는 얘기를 듣게 된다. 한편 리와 텐텐은 아카호시를 감시하다 아카호시가 만나는 사람들을 뒤쫓지만 들키고 별은 자신들이 찾을테니 방해나 하지 말라는 말을 듣는다. 스마루와 친구들은 차크라를 뒤쫓아 죽음의 계곡으로 가서 정체불명의 닌자를 만나지만 오히려 당하고 그 자는 스마루를 데려간다.

스마루를 납치해간 아카호시는 나루토와 아이들에게 스마루를 납치해간 것이 별을 훔쳐간 것과 동일한 사람으로 생각하게 만들어서 적도 해치우고 별도 되찾을 계략을 꾸민다. 정신을 잃은 스마루는 부모를 잃고 슬퍼하던 자신에게 별마을 닌자로서의 태도를 가르쳐준 3대 호시카게를 떠올린다. 한편 호쿠토로부터 별의 수행을 하다 몸이 상해서 죽는 사람까지 있다는 말에 아이들은 놀란다. 네지는 마스크를 쓴 닌자가 둘이라 결론을 내리고 리와 텐텐에게는 아카호시를 감시하라고 한다. 왜 아이들에게 별의 수행을 시키냐는 나츠히의 질문에 아카호시는 자신의 야심을 드러내고 나츠히는 아카호시를 공격하려다 스마루 때문에 망설인다. 이 때 나루토와 네지가 나타나고 나루토가 허점을 노려 나츠히의 정신을 잃게 하자 아카호시는 일부러 둘을 같이 계곡으로 떨어트린다.

아카호시는 네지에게 임무는 끝났으니 돌아가라고 말한다. 정신을 차린 나루토는 나츠히와 얘기를 나누다 나츠히가 스마루의 엄마란 말을 듣고 깜짝 놀란다. 스마루가 없어진 사실을 알게 된 아카호시 일행은 당황하지만 아이들까지 모두 없앨 계략을 꾸민다. 리, 텐텐과 함께 온 스마루는 아카호시에 대한 의문을 표하고 네지는 아카호시의 야욕을 폭로한다. 나츠히는 10년 전 별의 수행으로 인해 사람들이 쓰러지는 것을 보고 남편과 별을 없애려 했고 이를 안 3대 호시카게가 별의 수행을 금지할테니 수행이 다시 시작되지 않도록 감시해달라고 하여 죽은 것으로 하고 마을 밖에서 생활해왔다고 말한다. 나츠히의 차크라를 뒤쫓아온 아카호시는 별의 수행을 하기 위해 3대 호시카게를 암살했음을 말하고 나츠히와 결전을 시작한다.

아카호시는 마을을 위해서라며 스마루를 조종하고 나츠히는 스마루를 위해 별을 포기하고 내어준다. 아카호시의 공격에 나츠히는 쓰러지고 아카호시는 스마루를 버리고 아이들을 데리고 떠나고 호쿠토만이 스마루 곁에 남는다. 네지는 수행의 부작용에 아카호시의 공격으로 치명상을 입었다며 다시 한번 술법을 쓰면 나츠히의 목숨이 위험할 거라고 경고한다. 나츠히는 스마루와의 오해를 풀고 별을 없애기 위해 다시 마을로 향한다. 아이들이 급히 뒤쫓아오지만 결국 나츠히는 별의 수행으로 인한 부작용으로 쓰러지고 아카호시는 호시카게의 자리에 오르고 스마루와 호쿠토를 탈주닌자로 선포하고 없애라고 명령을 내린다.

아이들은 스마루를 쫓아 별마을로 향한다. 스마루는 쓰러진 나츠히를 보고 오열하고 아카호시는 수행장을 통째로 폭파시킨다. 분노한 호쿠토는 사람들에게 별의 수행을 하면 모두 죽게 될 거라고 하지만 아카호시는 마을에 대한 사랑이 부족한 경우에만 그렇게 된다고 반박한다. 그러나 미즈라가 나타나 자신의 상처를 보여주고 마을 사람들은 아카호시에게 등을 돌린다. 화가 난 아카호시는 3대 호카게를 죽인 사실까지 스스로 말하고 별을 이용해 엄청난 차크라로 사람들을 압도한다. 하지만 나츠히가 남긴 차크라가 스마루를 구하고 나루토에게 힘을 주어 나루토는 아카호시를 쓰러트린다. 마을로 돌아온 아이들은 별을 부셔버린 일로 혼나지만 별마을 아이들이 치료를 받고 건강해져서 즐거워한다.

츠나데는 나루토에게 아카마루의 감시를 맡긴다. 아카마루가 침입자로 인해서 세균병기에 감염되었을 거라는 것. 아카마루의 상태는 점점 이상해지고 키바는 걱정이 늘어간다. 그러다 아카마루가 야간훈련중이던 닌자를 습격하고 결국 츠나데는 아카마루를 격리시킨다. 하지만 키바는 아카마루를 데리고 달아나고 나루토는 둘을 찾아나서지만 키바는 나루토의 도움도 거부한다. 특수추적대로 발탁된 키바의 누나가 의료반에서 만든 주사약을 가져오지만 치료가능성이 반반이란 말에 키바는 아카마루를 설득하다 큰 상처를 입지만 아카마루는 제정신을 차린다. 키바는 아카마루가 자신을 애써 지키려한 거라며 흐뭇해한다.

숲에서 수행하던 나루토의 등에 옴바의 새끼가 붙어온다. 전설의 동물 옴바는 태어나서 처음 본 것을 어미라 생각하고 그 등에 붙어서 다 클 때까지 자란다는 것. 하지만 다 크면 3미터나 되는 무시무시한 괴물이 된다는 말에 모두 나루토와 옴바를 슬슬 피한다. 그러나 나루토는 자신을 엄마처럼 따르는 새끼옴바에게 정이 든다. 츠나데는 옴바가 크는 것을 보고 내보내기 위해 산적 퇴치라는 임무를 내세워 나루토를 마을밖으로 내보내고 산적을 퇴치한 나루토는 옴바의 엄마와 마주친다. 새끼옴바는 엄마와 마주쳐 잔인한 본성을 깨우치고 나루토를 공격하려 하지만 나루토와의 기억을 떠올리고 나루토를 무사히 마을까지 데려다준다.

나루토는 시노와 임무차 장례식에 간다. 당주인 아버지가 남긴 유언 때문에 장남이 임무를 의뢰한 것. 유언장의 내용은 모든 재산을 장남에게 남기지만 장례식에서 소리 높여 웃으면 유산을 다른 유족에게 뺏긴다는 것으로 웃지 않는 시노가 뽑혀서 온 것이다. 하지만 시노는 음식에 든 이상한 약 때문에 미친 듯이 웃어대고 결국 나루토가 장례식 대리로 나선다. 하지만 머리털이 3개밖에 없는 스님에 유산을 위해서 이상한 짓을 하는 친척들 때문에 나루토는 미칠 지경이다. 겨우 끝났나 했던 참에 사위가 이상한 짓을 하고 그러자 죽은 줄 알았던 아버지가 나와서 우스운 짓으로 웃음을 이끌어낸다. 하지만 그 아버지는 시노의 변신으로 웃는 친척들 앞에 나타난 진짜 당주가 돈 때문에 웃음을 잃어버린 가족들 때문에 이런 일을 꾸몄다고 말하고 모두 그 진심을 깨닫고 행복한 마음으로 한바탕 웃는다.

츠나데는 예전에 자신이 신세를 진 유채의 나라에서 임무의뢰가 들어오자 나루토와 히나타 쵸지를 보낸다. 행상인들을 호위하라는 것. 그런데 행상인들의 무리 중 한 명인 슌은 유채의 나라는 평화롭다는 말에 평화로우니까 넘보는 거라며 날카롭게 반응한다. 사실 슌은 유채의 나라 영주의 딸 하루나로 유채의 나라가 무시무시한 3인조 닌자 렌가 지가 루이가의 손에 넘어가자 신분을 속이고 호위무사들과 함께 도망을 나온 것. 렌가 지가 루이가는 하루나를 찾기 위해 닌자를 보내고 나루토가 이들과 마주치지만 그들의 목표가 자신들이란 것을 눈치채지 못 하고 다른 길로 간다. 적들이 추적해오는 것을 알게 된 하루나의 호위무사 중 하나인 기쿠노죠는 먼저 자리를 떠서 루이가와 일전을 벌인다.

하루나는 젊은 람들과 늙은 사람들로 두 그룹으로 나뉘어서 도망가자고 한다. 그에 따라 히나타는 젊은 사람들과 함께 가고 나루토와 쵸지는 노인과 아이들과 함께 길을 나선다. 하지만 나루토는 히나타가 설치한 함정을 보러 갔다가 기쿠노죠의 시체를 발견하고 다시 돌아가 위기에 처한 쵸지를 구한다. 추적자들이 그냥 스쳐가자 목표가 젊은 그룹에 있다는 것을 눈치챈 둘은 젊은 그룹을 따라나서고 하루나와 유리노죠로부터 그들의 정체와 속사정을 알게 된다. 그리고 하루나가 노인과 어린이들을 이용해 도망가려 했다는 것을 알고 크게 분노한다. 유리노죠는 나루토에게 어려서부터 볼모로 잡혀가 살았던 탓에 사람을 믿지 못 하게 된 하루나를 이해해달라고 한다. 밤이 되자 루이가가 공격해오고 나루토는 루이가가 만들어낸 이상한 물방울에 갇히고 만다.

물을 사용하는 루이가의 공격에 속수무책으로 당하던 나루토 일행은 곤봉을 다우징 처럼 들고 있던 루이가의 모습을 떠올리고, 루이가를 물이 없는 바위산 위로 유인하여 루이가의 쓰러트린다. 히나타와 같이 도망간 하루나는 반드시 살아남아야 한다는 강박관념에 휩싸여 히나타를 기절시키고 혼자 도망가고, 나루토는 히나타와 만나 부상당한 유리노조를 부탁한다. 지가는 나라를 많이 차지하고 싶은 욕심에 쓰러져있는 동생 루이가를 처단해버리고, 나루토를 만나 자석인법으로 공격을 시작하는데..

시즈네에게 쿠데타 사실을 전해들은 츠나데는 아이들의 임무에 대해 의구심을 품게 된다. 한편 나루토는 지가의 술법에 속수무책으로 당해 쓰러진다. 히나타가 땅속에 파묻힌 나루토를 겨우 구해내지만 나루토는 도망가라고 말한다. 지가는 하루나의 소재를 묻지만 히나타는 대답하지 않고 달아난다. 달아나던 중 지가의 약점을 깨달은 히나타는 지가를 사철이 많은 지대로 유인하여 차크라를 폭주시키는 혈을 찌르고 온몸이 자석이 된 지가는 사철에 묻히고 히나타도 함께 묻히려 한다. 그 때 쫓아온 나루토가 히나타를 구하고 히나타는 쵸지에게 맡기고 하루나를 쫓아간다. 하루나는 나루토에게 볼모 시절의 서러움을 토해내고 나루토는 하루나를 데리고 달아나지만 뒤이어 쫓아온 렌가에게 잡히고 만다.

렌가는 나루토에게 하루나를 넘겨주면 자기에게 잡힌 동료를 풀어주겠다고 루이가와 지가를 없애준 것을 감사한다며 자신은 부모든 형제든 이용할 것이라고 한다. 나루토가 제안을 거절하자 렌가는 마지막까지 자신에게 백성들을 부탁하고 하루나를 볼모로 보낸 것을 후회한 영주의 얘기를 꺼내며 비웃는다. 나루토는 훌륭한 영주라며 반박하며 렌가를 공격하지만 공기중의 수증기로 렌즈를 만들어 태양빛을 받아 공격하는 렌가에게 속수무책으로 당한다. 결국 하루나가 나와 자신을 죽이라며 절규하고 나루토는 회심의 일격으로 렌가를 쓰러트린다. 그리고 곧 시즈네 일행이 나타나고 주변국가와의 문제도 잘 해결됐음을 알린다. 하루나는 떠나는 나루토에게 남아서 유채의 나라의 재건을 도와달라고 하지만 나루토는 동료를 위해서 돌아가야한다고 말하고 떠난다.

이노는 자신과 똑 닮은 영주의 딸의 대역을 맡으라는 임무를 맡고 나루토와 함께 떠난다. 하지만 정작 만나본 영주의 딸 후쿠는 뚱뚱하고 이노와 전혀 닮지 않았는데, 후쿠는 맞선상대의 사진을 보고 첫눈에 반해 마음이 들뜨고 스트레스를 받아 갑자기 살이 쪘다며 이노에게 자신을 대신해 맞선을 성공시키라고 한다. 맞선은 시작되고 나타난 주인공 치카라는 뚱뚱하고 느끼해서 이노는 진저리를 친다. 나루토는 후쿠로 변신해 야하게 유혹하고 이노는 치카라의 느끼함에 이를 가는 등 맞선은 엉망이 된다. 거기다 자신의 모습을 하고 노상방뇨를 하는 모습에 화가 난 후쿠가 뒤쫓다 모든 것을 치카라에게 들키지만 치카라는 뚱뚱한 후쿠가 자신의 이상형이라며 둘은 결혼을 약속한다.

리는 수행을 위해 도장격파 도전자를 만날 생각으로 도장을 열고 기다리지만 아무도 오지 않자 우연히 들른 나루토에게 자신과 대결을 벌이자고 조른다. 겨우 빠져나온 나루토는 가이를 만나고 가이는 자신이 리의 도장격파 도전자가 되어주겠다며 이상한 꼴로 변장한다. 하지만 츠나데의 호출을 받고 시카마루 팀을 지원하기 위해 급하게 마을을 나간다. 마침 마을을 염탐하기 위해 왔던 닌자 나나후시는 가이가 변장한 모습으로 변신해서 마을로 들어가고 나루토를 만나 도장으로 끌려간다. 나나후시는 리에게 공격당해 엉망이 되고 나루토에게 조금만 자기 대신 상대해달라고 하고 빠져나가 리로 변신한다. 하지만 시카마루 팀의 문제가 별 거 아니라 돌아온 가이와 만나 공격당해 쓰러진다. 리는 마침내 모든 사실을 알게 되고 츠나데에게 기절한 나나후시를 데려가고 첩자를 찾던 츠나데와 시즈네는 깜짝 놀란다.

꿀의 나라 영주의 부인이 친정에 가던 길에 쿠비사키 고개에서 사라지고 츠나데는 나루토 키바 히나타에게 찾아오라고 한다. 나루토는 미리부터 겁을 잔뜩 먹는다. 고개로 향하던 아이들 앞에 성이 나타나고 아이들은 성으로 들어가는데 어딘지 으스스한 분위기가 돈다. 쿠비사키고개는 50년 전 쿠비사키 일족이 침공을 받아 몰락한 곳으로 히나타는 성주였던 쿠비사키 코자의 기록을 통해 함락 직전 어떤 동물을 소환해 성을 찾는 자들을 다 삼키겠다며 저주를 남긴 것을 안다. 성은 아이들을 집어삼키고 위험에 처한 아이들이 소환 계약을 쓴 두루마리를 찾으려할 때 키바사키 코자의 영혼이 나타나 아이들을 안내해주고 소환동물이 원래 살던 세계로 돌아감에 따라 아이들과 영주의 부인 일행은 성에서 벗어난다.

리가 정기검진에 빠지자 츠나데는 나루토에게 리를 데려오라고 한다. 츠나데는 리에게 경락계에 손상이 있다며 임무도 빠지고 연화투는 다시 쓰지 말라고 한다. 리는 상심하고 이를 본 나루토와 텐텐은 결과가 심각한 거라며 걱정한다. 상심한 리 앞에 가이가 나타나 용기를 복돋워주고 리는 가이와 닌자학교 도장에서 수행을 하다 야구라라는 소년을 만난다. 야구라는 리에게 대련을 부탁하고 엄청난 기술로 리를 공격해 부상을 입힌다. 츠나데가 임무를 내리자 가이는 야구라를 데려가게 해달라 말하고 다리를 다친 리 앞에 나타난 야구라는 이를 이용해 리를 좌절시키려 한다. 마을에 온 야구라가 가짜라는 것을 안 츠나데는 네지 텐텐 나루토에게 가이를 뒤쫓게 하지만 길을 잘못 잡은 아이들은 한참 헤맨다. 한편 가이는 쿵푸 연습용 나무인형이 있는 곳으로 접어들어 나무인형과 결투를 벌이게 된다.

야구라는 옛날 가이에게 패배한 적이 있었던 닌자의 삼형제 중 첫째 겐쇼로 동생들과 함께 가이를 노린다. 한편 리는 사쿠라가 뭔가 숨기고 있다는 걸 눈치채고 추궁해서 쫓아온다. 나루토 네지 텐텐은 처음에는 단순하게 움직이는 나무인형을 쉽게 보지만 다양한 움직임의 나무인형이 가세하자 고전하고 때마침 나타난 리가 아이들을 구한다. 나무인형은 큰 성으로 변하고 리는 아이들의 엄호에 힘입어 그 안으로 들어가지만 나무인형 하나가 기다리고 있다. 한편 가이도 나무인형과 대면하는데 이는 겐쇼의 술법으로 리와 가이는 서로의 움직임을 그대로 따라하는 나무인형과 대적한다. 가이는 상대가 리라는 것을 눈치채고 둘은 나무인형이 따라할 수 없는 화려한 체술로 술법을 깬다. 가이는 겐쇼에게 아버지와의 정정당당한 승부를 전하고 3형제는 가이와 싸우라는 유언이 원한이 아니란 것을 깨닫는다.

나뭇잎마을에 불어닥친 건축붐으로 타국 목수들이 와서 일하고 나루토는 겐노라는 목수노인과 라면을 먹으며 친해진다. 그날 밤 한 자객이 목수의 집에서 중요시설의 도면을 훔쳐달아나고 암부가 뒤쫓지만 자폭하고 훔쳐간 도면은 발견되지 않는다. 츠나데는 시즈네에게 보고를 받고 이전 유명한 트랩술사였던 겐노라고 말한다. 츠나데는 급히 닌자들을 불러 슈퍼 에스급 비상경계 태세를 발동하고 국경 경비를 설 것을 지시한다. 그리고 시카마루를 불러 나루토 네지 텐텐 등을 데리고 겐노가 훔친 도면을 숨겨놓았을 것을 대비해서 겐노에 대해 조사하고 도면을 찾으라고 한다. 겐노의 행적을 뒤쫓던 나루토는 평소 겐노에 친하게 지낸 소년에 대한 얘기를 듣고 그것이 자신인줄도 모르고 좋아한다. 그리고 암부가 나루토를 찾아오는데...

겐노와 한 얘기를 얘기하라는 말에 기억이 나지 않는다고 하자 암부는 나루토에게 최면을 걸어 겐노가 나루토에게 아들과 보물찾기하는 걸 좋아한다는 말을 한 사실을 알게 된다, 각자 팀을 짜서 마을을 둘러보지만 별다른 소득을 얻지 못 한 가운데 시카마루는 츠나데에게 불려간다. 츠나데는 폭포마을이 훈련을 핑계로 침입하려는 거 같다며 시카마루에게 국경으로 가라고 하지만 시카마루는 뭔가 심상치 않다며 마을에 남아있겠다고 한다. 조사를 계속하던 아이들은 폭발 지점에서 폭발이 한번이 아니라 미리 준비해둔 상태에서 두 번 일어난 것이며 발견된 시체가 겐노가 아니라는 사실을 알게 된다. 시카마루는 30년 전의 소개서가 없어진 것과 닌자학교 도면이 없어진 것에 집중한다. 그러던 중 커다란 새가 날아와 없어진 도면을 하늘에서 떨어트린다.

겐노가 가져갔던 도면이 하늘에서 뿌려지고 폭포마을의 동태가 침략이 아니라 단지 훈련일뿐이란 사실이 밝혀진다. 그리고 아이들은 겐노가 달아난 굴을 발견하고 시체가 본인이 아니란 걸 알아내 겐노가 죽지 않고 살아있다는 것을 알아낸다. 시카마루는 닌자학교 도면만 없어졌다는 사실에 주목해 겐노가 닌자학교에 뭔가를 설치했음을 직감한다. 아이들은 네지와 히나타의 백안을 내세워 학교 구석구석을 뒤진다. 그러던 중 나루토는 도장에서 못 보던 표적이 그려진 통나무를 보고 이에 의심을 갖는다. 한편 학교 벽에 파묻힌 기폭찰을 찾아낸 네지는 그 기폭찰이 도장의 통나무에 연결됐으며 그 통나무가 기폭장치란 것을 알고 나루토와 도장으로 향한다. 하지만 네지와 히나타는 백안을 통해 그 기폭장치가 마을 곳곳으로 연결되어 있음을 알고 놀란다.

아이들은 마을을 돌아다니며 하나하나 기폭찰을 제거하지만 수가 너무 많아 쉽지 않다. 시루는 츠나데에게 지원을 요청하고 마을의 고문 호무라 코하루가 도와준다. 두 사람이 변두리에서 발견한 기폭찰을 보고 옛날 방식이며 그 곳이 30년전 번화가로 계획되었던 곳이란 사실에서 기폭찰은 30년 전의 것이라는 사실을 알게 된다. 시카마루는 이 말을 듣고 칸나의 집으로 가서 30년 전 소개장을 들고 온 자도 겐노란 사실을 밝혀낸다. 아지랑이마을과 나뭇잎마을이 전쟁중이던 30년 전 휴전협정이 맺어지고 겐노는 건축붐이 일어난 나뭇잎마을에서 목수로 일하며 곳곳에 기폭찰을 설치했던 것. 한편 나루토는 겐노를 처음 만났던 때를 떠올리다 역대 호카게들의 조각바위로 달려가고 그 곳에서 겐노와 마주친다. 마을에 설치된 기폭찰은 눈돌리기용일뿐, 진짜는 그 곳에 있었던 것.

바위얼굴 안에서 겐노와 마주친 나루토는 겐노를 설득하려 하지만 바위얼굴에 기폭찰을 설치한 겐노는 층이 진 바위얼굴을 이용해 마을을 토사에 파묻히게 할 것이라 말한다. 시카마루는 마침내 겐노의 뜻을 눈치채고 없어진 나루토를 찾아나선다. 나루토는 친구들이 폭발을 막을 거라 장담하고 위기의 순간 키바와 시노가 나타나 구해준다. 겐노는 바위얼굴 밖으로 나오지만 시카마루의 그림자목조르기술에 걸린다. 하지만 빠져나가 새를 소환하여 바위얼굴을 폭파시키려 한다. 나루토는 히나타의 힘을 빌어 나선환으로 이를 막고 겐노는 쓰러진다. 몸이 약해져있던 겐노는 재밌었다는 말과 사진을 남기고 숨을 거둔다. 사진의 주인공이 겐노의 친아들이었다는 말을 들은 시카마루는 나뭇잎마을과의 전투에서 숨진 아들의 원수를 갚기 위해 마을에 잠입한 겐노가 나루토를 만나 뜻을 바꾸고 아들과의 추억이 담긴 보물찾기를 했으리라 짐작한다. 나루토와 아이들은 모두 힘을 합쳐 마을을 지킬 것을 다짐한다.

이번 시간은 나루토와 사쿠라의 사회로 그동안 나루토에 등장했던 수많은 대결중 최고의 명승부 5개를 가려보는 시간을 갖는다. 5위는 나뭇잎병원 옥상에서의 나루토와 사스케의 대결, 4위는 쵸지와 지로보의 대결, 3위는 키바 아카마루와 사콘 우콘의 대결, 2위는 네지와 키도마루의 대결, 그리고 대망의 1위는 죽음의 계곡에서의 나루토와 사스케의 대결이 뽑힌다. 순위에 오른 주인공이 나와 소감도 들려주고 나루토는 자신의 특집영상을 틀어주지만 사쿠라에게 당하는 민망한 장면만 나와 속이 탄다. 마지막으로 현장에 나가있는 지라이야를 연결하자 오로치마루가 나타나고 얼핏 사스케의 모습의 비치지만 금방 사라져 나루토와 사쿠라를 가슴 아프게 한다.

혼자 수행을 하던 나루토는 한 소녀와 마주치고 소녀가 그리는 일이 그대로 일어나는 것을 보고 놀란다. 소녀는 의료닌자와 암부에게 억지로 끌려가고 나루토는 소녀의 정체를 궁금해한다. 한편 키바는 8조 담당을 그만두겠다는 쿠레나이의 말을 받아들일 수 없다며 분노해 시노와 갈등을 빚는다. 나루토는 쿠레나이에게 그만두지 말라고 하지만 받아들여지지 않자 츠나데를 만나러 가던 중 사쿠라를 만나 그 일에 아침에 만난 소녀 야쿠모가 관여되어 있음을 알게 된다. 한편 쿠레나이는 3대 호카게의 부탁으로 야쿠모를 맡았지만 포기했을 때를 떠올리고 가이의 말에서 자신이 잘못했음을 깨닫는다. 한편 나루토는 쿠레나이의 모습으로 변신해 야쿠모가 감금된 산장으로 가지만 쿠레나이의 가슴에 칼이 꽂힌 그림을 보고 큰 통증을 느낀다.

쓰러진 나루토는 기이한 꿈을 꾼다. 꿈에서 쿠레나이는 닌자를 포기하지 않으면 봉인술로 야쿠모의 능력을 봉인하겠다고 말한다. 깨어난 나루토는 사토미산장으로 향하는 쿠레나이에게 꿈 얘기를 하고 쿠레나이는 꿈이 아니라 사실이며 제자의 능력을 없앤 자신은 8조 아이들을 가르칠 자격이 없다고 말한다. 한편 야쿠모가 있는 사토미산장을 쿠라마 일족의 닌자들이 습격한다. 연락을 받은 츠나데는 사쿠라 가이와 8조 아이들을 불러서 산장으로 보낸다. 그리고 야쿠모가 가진 환술의 잠재능력은 엄청나고 위험할 정도며 야쿠모의 부모가 갑자기 목숨을 잃으며 명문이던 쿠라마일족이 몰락했음이 밝혀진다. 한편 쿠레나이는 쿠라마 일족이 쳐놓은 환술을 헤치고 무사히 야쿠모를 만난다.

쿠라마일족의 닌자들은 쿠레나이에게 야쿠모를 넘기라고 하지만 쿠레나이는 그들보다 한수 높은 환술로 쓰러트리고 야쿠모를 데리고 떠난다. 뒤따르던 나루토 일행은 쿠라마일족의 방해에도 무사히 산장으로 돌아가지만 이미 쿠레나이는 떠난 뒤다. 야쿠모를 데리고 떠나던 쿠레나이는 운카이와 마주치고 운카이의 환술에 걸리자 자기 몸에 상처를 내서 위기를 모면하고 나루토 일행의 도움으로 운카이를 따돌린다. 잠에서 깨어난 야쿠모는 3대 호카게가 자신의 능력을 봉인하라 지시했으며 자기 부모까지 살해했다고 주장한다. 한편 쿠레나이는 야쿠모가 가진 환술의 잠재능력에 질투를 느껴 능력을 봉인했다고 거짓말을 한다.

야쿠모와 쿠레나이를 데리고 마을로 돌아온 아이들은 전쟁이 휩쓸고 지나간 듯 폐허가 되고 아무도 없는 마을을 보고 경악한다. 사쿠라와 약을 찾던 나루토는 운카이를 마주치고 운카이는 지금 모두 야쿠모의 환술에 빠져있는 거라고 한다. 한편 마을을 조사하던 시노 키바 히나타 일행도 시노의 벌레를 통해 모든 것이 환술이라는 것을 깨닫는다. 운카이는 나루토에게 3대 호카게와 쿠레나이는 너무나 엄청난 힘 때문에 야쿠모 안에 생겨난 괴물을 없애려 했던 거라고 말한다. 그리고 자신의 몸을 던져 나루토를 환술에서 풀려나게 한다. 야쿠모는 쿠레나이에게 모든 것이 3대 호카게의 명령이 맞냐며 그림을 통해 쿠레나이의 몸을 지워나간다. 환술에서 빠져나온 나루토는 아이들과 함께 쿠레나이와 야쿠모가 있는 사토미산장으로 향한다.

나루토는 분신의 도움을 받아 야쿠모가 있는 세계로 들어간다. 그리고 운카이는 숨겨진 진실을 밝힌다. 어려서부터 부담감에 시달리던 야쿠모의 심층의식에서는 이드라는 괴물이 자라나고 이드가 집에 불을 내어 야쿠모의 부모를 살해한 것. 3대 호카게는 야쿠모를 처리하자는 운카이의 제안을 거절하며 이드를 제어할 방법을 찾거나 그것이 안 되면 능력을 봉인해야할 것이라며 쿠레나이를 시킨다. 쿠레나이는 야쿠모의 원망을 감내하며 그 비밀을 지켜온 것이다. 기억을 되살린 야쿠모는 자결하려 하지만 이드가 나타나 이를 막는다. 쿠레나이는 사람은 누구나 마음 속에 짐승을 키우고 살지만 그것을 조절할 수 있다면 꿈을 이룰 수 있다며 이드를 막을 수 있는 것은 너뿐이라며 야쿠모를 격려한다. 야쿠모는 용기를 내어 이드를 처치하고 평화를 찾고 8조도 다시 돌아올 거라는 쿠레나이의 말에 기뻐한다.

츠나데는 나루토에게 엄청난 가치의 국보급 다기 화조풍월을 전시회장까지 수송하라는 임무를 내린다. 추적요원으로 따라온 키바와 경호를 맡은 나루토는 골치 아픈 의뢰인 신에몬 때문에 골치가 아프다. 다기는 목숨보다 귀한 거라며 나루토와 키바를 온갖 위기로 내모는 신에몬. 나루토와 키바는 화가 나지만 꾹 참고 수송임무에 임한다. 그러던 중 다기를 노리는 도적단이 출현해 화조풀월을 도둑맞는다. 동굴로 쫓아가 도둑들을 찾아내는 데는 성공하지만 도적단의 두목이 동굴을 무너트리고 신에몬은 화조풍월을 구하려다 위기를 맞는다. 화조풍월은 깨어지지만 나루토의 구조로 살아난 신에몬은 목숨이 소중한 것임을 깨닫는다. 그리고 자신이 화조풍월을 만든 작가임을 밝히며 새로운 작품을 만들 꿈에 부푼다.

나뭇잎마을에 반닌자단의 멤버 간테츠를 호송해달라는 의뢰가 들어온다. 반닌자단이란 탈주닌자들로 이루어진 잔인하고 흉악한 강도단이다. 나루토 사쿠라 리는 숲의 나라 경호부대와 함께 경호임무를 맡지만 경호부대 대장 토도로키는 도움이 필요없다며 아이들을 무시한다. 나루토는 갇혀있는 간테츠를 감시하러 내려갔다가 토도로키가 간테츠를 해치려는 것을 보고 말린다. 토도로키는 옛날 간테츠를 만났을 때를 떠올리며 반닌자단은 죄없는 어린애들까지 해치는 나쁜 놈들이라며 분노한다. 그리고 그러던 중 반닌자단의 습격으로 나루토 토도로키 간테츠는 다른 일행과 헤어지게 된다.

사쿠라와 리는 배가 절단된 탓에 나루토 일행과 헤어지고 만다. 한편 반닌자단 일행은 나루토 일행을 공격하지만 배가 폭포 아래로 떨어져 나루토 일행을 놓치고 만다. 나루토 간테츠 토도로키는 반닌자단을 피해 이상한 숲으로 들어가고 숲을 가로질러 수도로 가기로 한다. 하지만 그 숲은 반닌자단의 아지트가 있는 미로의 숲으로 절대로 빠져나갈 수 없는 숲. 간테츠는 자신이 숲을 안내하겠다고 나서고 믿지 않는 토도로키에게 자신이 반닌자단의 돈을 훔쳤고 그래서 쫓기고 있는 것이라고 고백한다. 함께 길을 가던 나루토 일행 앞에 반닌자단 토키가 나타나고 나루토는 간테츠의 도움으로 위기를 모면한다. 한편 사쿠라와 리 앞에 정체를 알 수 없는 자들이 나타나고 토도로키는 간테츠가 자신의 가족과 동생을 죽였다고 절규하며 간테츠를 해치려 한다.

토도로키는 예전에 반닌자단에게 습격당한 일가의 생존자로 분노를 참지 못 하고 간테츠를 죽이려 하다 결국 나루토와 싸움을 벌인다. 이때 나타난 반닌자단 몬쥬는 두 사람을 묶어놓고 간테츠를 데리고 사라진다. 사쿠라와 리 앞에 나타난 소년들은 자신은 반닌자단이 습격했던 집의 아이들로 간테츠가 자신들을 몰래 살려주고 키워줬다며 반닌자단을 없애기 위해 간테츠가 보물을 없애고 스스로 경무청에 잡힌 거라고 말한다. 간테츠를 데려가던 몬쥬와 사쿠라 일행이 만나고 간테츠는 아키오를 이용한 협박에 모든 것을 털어놓는다. 그리고 위기의 순간 몬쥬의 줄을 푼 나루토가 나타나고 뒤따라온 토도로키는 아키오를 보고 놀란다.

나루토는 몬쥬를 궁지에 몰아넣지만 마침 나타난 슈라가 아키오를 데려가고 만다. 토도로키는 슈라가 데려간 것이 아키오란 사실을 알고 절망한다. 간테츠는 나루토 리 토도로키를 반닌자단의 아지트로 안내한다. 아키오는 보물이 있는 곳을 대라며 슈라로부터 고문을 당한다. 마침내 슈라의 저택에 도착한 나루토 일행, 하지만 슈라가 준비한 함정에 걸리고 만다. 나루토는 달아나는 슈라를 쫓아가 해치우고 토도로키는 불길 앞에서 5년전의 악몽을 떠올리고 용기를 잃지만 간테츠가 아키오를 지킨 것을 깨닫고 간테츠와 아키오를 구해서 데리고 나온다. 간테츠가 키워온 아이들과 만난 나루토 일행, 토도로키는 반닌자단은 괴멸됐으며 간테츠도 그 와중에 사망한 것이라며 아키오를 두고 떠난다.

나루토는 라면집 주인으로부터 마죽으로 만든 환상의 멘마에 대한 얘기를 듣고 임무를 마치고 오는 길에 멘마의 원료 마죽 죽순을 따러 갔다가 정신을 잃고 쓰러진 소년을 발견해서 마을로 데려온다. 사실 소년은 강도짓과 살인을 일삼는 무리의 일원, 하지만 습격한 마을에서 어린 소녀를 구하려다 동료를 해치고 벼랑에서 떨어진 것. 소년은 기억을 잃고 나뭇잎병원에 입원하지만 병원 화재시 아기를 구하고 츠나데의 허락을 받아 나루토의 책임 하에 마을에 머물게 된다. 나루토와 함께 살게 되고 멘마라는 이름까지 얻은 소년은 착한 마음씨로 마을 사람들을 도와준다. 하지만 마을에 이상한 자가 잠입하고 나루토는 멘마의 피리소리를 듣고 힘이 솟아나자 이를 의아하게 여긴다.

츠나데는 멘마의 술법과 비슷한 술법을 떠올리고 멘마가 소리마을과 관계있는 것이 아닐까 생각한다. 그리고 나루토는 멘마 네지 텐텐과 함께 멘마의 기억을 찾으러 밭의 나라로 향하지만 텐텐 네지가 멘마를 의심하자 불쾌해한다. 그러던 중 나루토 일행은 도적떼의 습격을 받은 마을에 도착한다. 마을 사람들이 금광을 노리는 도적떼의 공격을 받았다는 걸 알고 나루토는 도와주자고 하지만 네지와 텐텐은 반대한다. 멘마는 마을 사람들을 돕겠다며 마을에 남아 나루토와 방어벽을 만든다. 하지만 밤에 습격한 도적으로부터 후키를 구하려다 다치고 치료를 하려던 마을 청년 난은 멘마의 문신을 보고 마을을 습격한 자들과 한패라며 치료를 거부한다.

나루토는 멘마가 마을을 습격한 도적 패거리라는 사실이 믿어지지 않는다. 한편 마을 사람들은 멘마를 의심해서 배척한다. 마을 사람들이 멘마를 공격하는 순간 도적떼가 마을을 다시 습격한다. 나루토 일행은 그들과 싸움을 벌이고 어려운 순간 멘마의 도움을 받는다. 멘마는 시운이 강 상류의 둑을 폭파시켜 마을을 수장시키려 한다며 광산을 터트려 물길을 막자고 한다. 그리고 자신은 시운 일행의 손에 자랐고 마을을 습격한 일을 후회하며 시운을 막고 싶다고 고백한다. 시운은 나루토에게 시운을 맡기고 광산에 기폭찰을 설치해서 자폭하여 마을을 구한다. 마을 사람들은 멘마의 죽음앞에 숙연해지고 나루토는 친구를 잃은 쓸쓸한 마음으로 나뭇잎마을에 돌아온다.

닌자도구를 만드는 장인마을 사람들이 사라지고 마을 창시자의 관이 마을에 나타난다. 한편 가아라 칸쿠로 테마리는 나뭇잎마을의 교육과정을 본따서 아이들을 교육하고 눈앞에서 부모가 수많은 무기에 맞아 쓰러진 것을 본 교육생 마츠리는 가아라를 따른다. 그러던 중 사천상이란 자들이 나타나 마츠리를 납치하고 가아라에게도전장을 던지며 도전에 응하지 않으면 가까운 사람들을 매일 하나씩 제물로 바치겠다고 한다. 가아라 칸쿠로 테마리는 그들을 쫓아 나뭇잎마을로 향하고 나뭇잎마을에서는 사스케 사건 때 도와줬던 일의 은혜를 갚는다며 시카마루의 지휘아래 하급닌자들이 이들을 도우러 간다.

마츠리를 납치한 사천상은 가아라를 혼자서 고립시켜서 잡을 작전을 세운다. 그리고 작전에 따라 처음으로 공작이 남아 공격하자 같은 풍술사라는 것을 안 테마리가 남는다. 두 번째는 용안이 남자 같은 꼭두각시술을 쓰는 칸쿠로가 남는다. 그리고 마지막으로 수호가 남아 가아라를 맞는다. 한편 나루토 일행은 네지와 시노 히나타가 보내온 정보에 따라서 전투가 세군데에서 벌어지고 있는 것을 알고 세팀으로 나뉘어서 구하러 간다. 테마리와 칸쿠로는 처음 예상과는 달리 상대를 맞아 크게 고전하고 위기에 처하고 말지만 위기의 순간에 나뭇잎마을의 아이들이 나타나 위기에서 구해낸다.

나뭇잎마을의 아이들이 모래마을의 아이들을 돕기 위해서 나타나지만 사천상에 밀려 힘을 쓰지 못 한다. 키바 쵸지 칸쿠로는 서로 호흡이 맞지 않아서 힘들어하고 시카마루 이노는 기술을 쓸만큼 공작에게 접근하지 못 하고 번번히 실패한다. 한편 수호는 갑옷을 이용해 차크라를 빨아들여 가아라는 고전한다. 그리고 수호 공작 용안은 삼각형진을 이용해 수맥을 뚫어 가아라의 모래를 물로 적시고 물을 먹어 무거워진 모래로 가아라는 위험에 빠진다. 하지만 시카마루가 폭포의 그림자를 이용한 그림자흉내술로 공작을 해치우고 가아라도 모래갑옷으로 수호를 처치하고 쵸지 키바 칸쿠로도 용안을 쓰러트린다. 수호를 쓰러트린 가아라는 열심히 보구를 뒤쫓아간다.

보구는 막다른 길에 다다르자 기다렸다는 듯이 닌자도구를 이용해 가아라를 공격하고 가아라는 고전한다. 나루토가 오지만 나루토도 보구를 당해내지 못 하고 보구는 가아라를 우리에 가둔다. 보구는 그동안 닌자5대국에 당했던 장인마을의 기구한 역사를 애기하며 가아라의 차크라를 이용해 궁극의 병기 장인마을의 시조 세이메이를 자신의 몸안에 불러내어 부활시킨다. 한편 츠나데는 이 일을 알고 카카시에게 누군가와 함께 다녀올 것을 명한다. 나루토는 여전히 고전하지만 마츠리는 가아라가 자신에게 무기는 사람을 죽이기도 하지만 소중한 사람을 지킬 수도 있는 것이란 얘기를 해주려 했다는 걸 알고 용기를 내어 무기를 이용해 보구에 맞선다.

수학으로 변하고 있는 가아라는 엄청난 차크라를 내뿜고 세이메이는 그 차크라를 빨아들인다. 가아라는 예전에 나루토와 했던 말을 떠올리며 애써 자신안의 수학을 억누르고 원래 모습으로 돌아온다. 세이메이는 이런 가아라를 비웃지만 가아라는 바위를 모래로 만들어 세이메이를 물리친다. 가아라 일행은 고마움의 인사를 전하고 나뭇잎마을을 떠나고 임무를 통해 뒤처진 자신을 느낀 이노는 사쿠라에게 의료닌자가 되고 싶다고 말한다. 그리고 나루토는 돌아온 지라이야와 함께 사스케를 되찾기 위해 자신을 단련하기 위한 수행여행을 떠나게 된다.