Черепашки ниндзя

Когда Окно Времени наконец отремонтировано, черепахи входят в него, чтобы отправиться домой. Вместо того, чтобы вернуться в логово, они оказываются с Вайрел, которая сбежала изнутри Серлинга. Вайрел берет под свой контроль временной портал, отправляя черепах в разные точки истории, надеясь, что они будут устранены. Тем не менее, Майк обманывает её, чтобы взять их в не слишком отдаленное будущее, где Тэнгу-Шреддер, Шреддер-Утром и неизвестный третий Шреддер сражаются за контроль с конкурирующими кланами Фут.

Черепахи воссоединяются с Кейси Джонсом и Эйприл О’Нил, которые сообщают им, что они пропали без вести в течение целого года. Все пытаются приспособиться к эпохе низких технологий, в то время как Донателло начинает строительство устройства для входа в киберпространство, чтобы получить биты данных мастера Сплинтера. Кейси посещал школу боевых искусств, возглавляемую Кханом, преданным оперативником клана Фут, который вербует и промывает мозги своим ученикам, чтобы восстановить Фут. Несмотря на вмешательство черепах, надежды Кхана возобновляются, когда Кибер-Шреддер вступает с ним в контакт из киберпространства.

Черепахи путешествуют в киберпространство, чтобы спасти как можно больше битов данных мастера Сплинтера, используя новые кибернетические доспехи и оружие, разработанное Донателло. Однако на их пути есть серьезное препятствие: Кибер-Шреддер. И он не намерен позволить своим самым ненавистным врагам вернуться домой, в реальный мир. Примечание: Караи появляется в воспоминаниях вместе со своим приемным отцом, Утромом-Шреддером

Кейси и Рафаэль отправляются в Чайнатаун, чтобы найти обручальное кольцо для Эйприл. Однако, поскольку Хан ищет магическое кольцо, которое может вызывать монстров, в качестве меры предосторожности против Кибер-Шреддера, владелец магазина дает его Кейси. Кольцо заставляет зло расти в Эйприл, пока она не превращается в монстра; Хан сильно избит, заставляя его сдаваться. Сумев снять кольцо с Эйприл, Кейси удается спасти её. Владелец магазина дает ей настоящее обручальное кольцо, и они с Кейси обручены.

В то время как Донателло фокусируется на сборе битов данных Сплинтера, его братья оказываются втянутыми в войну между Футами и Пурпурными драконами; Бакстер Стокман взломал финансирование Футов для Пурпурных драконов. Кибер-Шреддер захватывает роботизированное тело Стокмана. Стокман покидает тело, научившись никогда не устраиваться в нём слишком удобно. Тело Стокмана оказывается грозным под контролем Кибер-Шреддера, принимая все атаки, которые они бросают на него. Стокман связывается с Донателло, информируя его о ситуации; Донни временно отказывается от извлечения битов данных Сплинтера и отвлекает Кибер-Шреддера, позволяя Бакстеру загружать брандмауэр, чтобы удержать Шреддера в ловушке в киберпространстве.

Кибер-Шреддер выпускает вирус, который стирает воспоминания черепах, перепрограммируя их так, чтобы они работали на Футов. Четыре черепахи выполняют приказ мастера Кхана, в то время как Эйприл, Кейси и Серлинг пытаются восстановить воспоминания четырёх героев. Удастся ли им это?

Кибер-Шреддер создает прототип киберпортала, чтобы сбежать из киберпространства. Он посылает животных, которые мутируют и атакуют Нью-Йорк, заставляя черепах устранить беспорядок и остановить Кибер-Шреддера от становления реальным ещё раз. Когда кажется, что Кибер-Шреддер усовершенствовал портал, Донателло взламывает его, заставляя Шреддера расти и искажать момент, когда он материализуется в реальном мире. В конце концов, Кибер-Шреддер изгнан обратно в киберпространство.

Кибер-Шреддер взламывает компьютерную инфраструктуру Нью-Йорка, беря под контроль все электронные устройства в городе и эффективно завоевывая его. Тем временем черепахи обнаруживают, что Хан и Пурпурные драконы подверглись нападению. Как только они поняли, что Фут стоит за всем этим, черепахи сражаются по всему Нью-Йорку, чтобы восстановить компьютерную инфраструктуру. Они борются с Кибер-Шреддером и преуспевают в том, чтобы убить его, заставляя Футов бежать. Однако, оказавшись в одиночестве, тело Шреддера выступает из шипа, пронзая провод и выпуская в него электрический ток.

Черепахам удается собрать все данные мастера Сплинтера и реконструировать его в реальности. Неведомо для них, Кибер-Шреддер поместил вирус в биты данных, в результате чего в ухе Сплинтера появился маячок, позволяющий ему отслеживать черепах на ферму Эйприл. Там и Эйприл, и Кейси счастливы, что Мастер Сплинтер вернулся, сделав их день свадьбы завтра ещё лучшим днем, пока Шреддер и Фут не решат испортить вечеринку. После обнаружения, что цифровое ядро Вайрел все ещё существует в нём, Кибер-Шреддера убивают декомпилятором, заставив Кхана и Фут бежать. Свадьба возобновляется с гостями из разных измерений, миров и времен. Крысиный Король, агент Бишоп, Коди Джонс, Даймио и Великий Ниндзя, и Ренет все смотрят издалека или с помощью технологических или магических средств.