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어드미니스트레이터와의 격전으로부터 반년이 지났다. 친구를 잃고 폐인이나 다름없는 모습이 된 키리토를 데리고 앨리스는 고향인 루리드 마을의 구석에서 조용히 지내고 있었다. 키리토와 함께 자신들이 지켜 낸 세계를 바라보며 지금까지를 회상하는 앨리스. 그런 그녀의 앞에 정합기사단의 동료이자 제자였던 엘드리에 신서시스 서티원이 나타나는데.

다크 테리토리의 군세가 루리드 마을을 습격했다. 비룡 '아마요리'를 타고 서둘러 마을로 가는 앨리스. 그곳에는 '금기목록'에 의해서 위사장의 명령을 거스를 수 없어서 고블린들로부터 도망치지 못하는 마을 사람들이 있었다. 싸울 목적을 잃어버렸던 앨리스는 자신의 가족을 위해서, 키리토와 유지오가 지키려 했던 사람들을 위해서, 다시 정합기사의 갑옷을 걸치고 '금목서의 검'을 휘두른다!

'오션 터틀'을 습격한 미지의 조직── 그것은 미국 국가 안전 보장국으로부터 극비리에 임무를 맡게 된 특수 공작부대였다. 부대를 이끄는 리더 가브리엘은 과거에 키리토와 시논과 교전한 적이 있었는데... '소울 트랜스레이션 테크놀로지'로 만들어진 인공의 혼'A.L.I.C.E=앨리스'를 강탈하려는 가브리엘은 '언더월드' 안에 있는 앨리스를 찾기 위해 어떤 비책을 시험하게 되는데.

다크 테리토리의 암흑 기사단을 이끄는 기사단장 샤스타는 어드미니스트레이터가 죽은 것을 기회로 인계와 평화 협정을 맺으려 하고 있었다. 하지만 그 시도는 황제 벡터의 암흑계 귀환으로 인해 무산된다. 벡터의 계정을 사용해서 '언더월드'에 로그인한 가브리엘. 그는 'A.L.I.C.E'를 찾기 위해 어둠의 군세에게 인계와의 전면전쟁을 지시하는데.

인계와 다크 테리토리를 나누는 '동쪽 대문'. 그 바로 앞까지 어둠의 군세는 다가와 있었다. 사람들을 위해 싸울 것을 결의한 앨리스는 키리토를 데리고 인계군에 합류한다. 하지만 압도적인 다크 테리토리군의 병력과 비교해 인계군에서 전투가 가능한 정합기사는 겨우 13명 밖에 없었다. 절대적인 열세를 피할 수 없는 전장에서 키리토를 대동해야 할지 말아야 할지 고민하는 앨리스였는데.

'최종 압박 실험'이 시작되고 '동쪽 대문'이 드디어 붕괴되었다. 황제 벡터가 된 가브리엘의 선동으로 대규모 군대를 형성한 어둠의 군세는 인계를 향해 진군한다. 이에 맞서 싸우는 소수 정예의 인계군은 부대를 나누어 맞서 싸운다. 절망적인 전력 차에도 굴하지 않고 인계군의 정합기사들은 일기당천의 놀라운 힘으로 적을 쓰러트려간다. 하지만 어둠의 군세는 그 압도적인 병력으로 서서히 인계군을 흩뜨려서 몰아내고 있었는데.

정합기사 렌리 신서시스 트웬티세븐은 보급부대의 수비를 담당하게 되지만, 첫 전투에 겁을 먹고 도망쳐 버렸다. 그 결과 키리토가 있는 보급 부대의 텐트 안까지 고블린들의 침입을 허용하게 되는데.

정합기사 앨리스의 거대한 술식으로 어둠의 군세에 큰 타격을 입힐 예정이었던 인계군 기사회생의 책략은 성공했다. 인계군이 승리의 기쁨에 취해 있을 때 앨리스는 적의 패잔병과 조우하고 황제 벡터의 목적이 '빛의 무녀'를 찾는 것임을 알게 된다. 한편, '빛의 무녀'의 존재를 알아차린 황제 벡터이자 가브리엘은 아군의 희생도 개의치 않는 비정한 작전을 전개하는데.

'빛의 무녀'앨리스의 모습을 본 가브리엘은 그녀를 잡기 위해서 전군에 돌격명령을 내린다. 어둠의 군세의 한 축 을 담당하는 정예 권투사 부대는 본대보다 선행해서 앨리스의 유격대를 추격한다. 심의로 단단해진 육체를 가진 권투사 부대에 맞서기 위한 작전을 생각하는 앨리스와 베르쿨리. 그곳에 나타난 것은 지금까지 침묵으로 일관하던 정합기사 셰이타 신서시스 트웰브였다.

'창세신 스테이시아'의 슈퍼 계정을 사용해서 언더월드로 로그인한 아스나. 그녀가 사용한 신성술은 일곱 빛깔 오로라의 빛을 띠고 있었다. '지형 조작'의 효과를 지닌 그 신성술을 쓰는 모습은 그야말로 여신의 현현 같았다. 강림 후 로니에와 티제의 안내를 받고 키리토와 재회한 아스나. 하지만 그곳에 앨리스도 찾아오면서 둘은 키리토를 두고 일촉즉발의 상황이 되는데......!!

아스나가 '지형 조작'으로 만들어낸 끝이 보이지 않는 협곡. 인계군이 기다리는 건너편 절벽으로 건너가기 위해서 밧줄로 다리를 대신해서 건너려고 하는 암흑 기사와 권투사들. 이것을 좋은 기회라고 생각한 베르쿨리는 유격대를 이끌고 출격한다. 한편, 현실 세계의 라스 내부에서는 가브리엘이 이끄는 미국 공작 부대의 일원인 크리터에 의해 기묘한 신규 VRMMO 게임 베타테스터를 모집하는 게시물이 등록되는데.

가브리엘의 책략으로 암흑 기사의 계정을 얻은 현실 세계의 미국인 플레이어들. 그들은 차례로 '언더월드'에 로그인하고 인계군과 어둠의 군세를 구분하지 않고 '인공 플럭트라이트'들을 학살한다. 살육 집단인 그들이 현실 세계에서 로그인한 플레이어라는 것을 눈치챈 아스나는 필사적으로 그들을 막으려고 한다. 그리고 그것을 맞은편 절벽에서 본 이스칸은 아군의 죽음에 무관심한 황제에게 분노를 품는데......

슈퍼 계정 '태양신 솔루스'로 로그인한 시논. 그녀는 미국인 플레이어 군에게 포위당한 아스나 일행을 아슬아슬하게 구해낸다. 그리고 아스나의 부탁으로 솔루스 계정의 고유 어빌리티 '무제한 비행'을 사용해서 벡터에게 납치당한 앨리스를 쫓아간다. 한편, 지모신 테라리아의 슈퍼 계정으로 로그인한 리파도 '언더월드'에 내려왔는데.

밀려드는 미국인 플레이어 군대에 대항해서 열세에도 불구하고 용맹하게 싸우는 '인계'군과 아스나. 하지만 절망적인 전력차를 극복하지 못하고 '인계'군 병사들은 차례차례로 쓰러져 간다. 만신창이가 된 아스나도 언제 쓰러져도 이상하지 않은 상태였다. 아스나가 상황을 타파하고자 결사의 각오를 한 그 순간, 아스나는 'ALO'에서 지원군을 이끌고 로그인한 리즈벳을 목격하는데.

앨리스를 납치한 벡터의 뒤를 쫓는 베르쿨리. 그리고 긴 사투 끝에 베르쿨리는 비검 이참으로 드디어 벡터를 쓰러뜨린다. 하지만 심한 부상을 입은 베르쿨리도 앨리스의 품 안에서 숨을 거둔다. 앨리스는 그의 죽음에 가슴 아파하지만 '종말의 제단'으로 갈 것을 결의한다.

'라스' 내부의 배신자는 야나이라는 연구원이었다. 한때 스고우 노부유키의 밑에서 일했던 그는 '라스'에 잠입해서 미국 국가 안전 보장국에 정보를 유출하고 있었다. 야나이는 키리토를 부활시키려는 히가에게 총을 겨누며, 각성 작업을 방해하려 한다. 한편, '언더월드'에서는 '솔루스' 시논이, 다시 로그인한 벡터, 즉 가브리엘과 대치하고 있었는데.

'ALO' 지원군의 공세도 기력이 다하면서 결국 아스나 일행은 바사고와 중국, 한국인 플레이어 군대에게 패배한다. 폐인 상태의 키리토를 발견한 바사고는 휠체어를 발로 차 키리토를 쓰러뜨리고 도발하지만 키리토의 의식은 돌아오지 않는다. 이 상황에 화가 난 클라인은 바사고에게 덤벼들지만 적 플레이어에게 제압당해 버린다. 클라인을 비웃으면서 키리토에게 '메이트 초퍼'를 휘두르려는 바사고 그때 예상외의 인물이 나타나는데.

한때 키리토의 적이었던 에이지가 선전했지만 바사고에게 패하고 만다. '언더월드'의 먼 남쪽에서는 시논이 가브리엘에게 중상을 입혔지만, 힘이 다하고 만다. '언더월드'의 중앙에서 치열한 사투를 벌이던 리파는 미국인 플레이어 군단을 전멸시킨 뒤 쓰러져 버렸다. 그리고 아스나는 절망적인 상황에서 땅에 쓰러진 키리토를 바라본다...... 모두가 그에게 최후의 희망을 걸었다. 하지만 '검은 검사'는 아직 꿈속에서 헤매고 있었는데.

'아인크라드'의 악몽에서 빠져나오면서 드디어 키리토가 깨어난다. 오른손에는 '밤하늘의 검'을 왼손에는 부러진 '청장미 검'을 손에 쥔 키리토는 죽은 자의 리소스를 흡수해 거대화한 '메이트 초퍼'를 든 바사고와 대치한다. 증오의 심의를 증폭시키는 바사고의 검격에 키리토는 조금씩 밀리기 시작한다. 그리고 '메이트 초퍼'가 키리토의 몸을 양단하려던 그 순간 금빛으로 빛나는 손이 '밤하늘의 검'을 잡은 키리토의 손에 힘을 보태는데.

앨리스와 함께 플럭트라이트를 꺼내기 위해서 콘솔 '월드 엔드 얼터'--'종말의 제단'으로 향하는 아스나. 키리토는 두 사람이 도착할 때까지 시간을 벌기 위해 허무와 칠흑의 화신이 된 가브리엘과 대치한다. 한계 가속 단계가 시작되기 전까지 가브리엘을 쓰러뜨리고 현실 세계로 돌아가지 못하면 키리토는 그대로 200년을 '언더월드'에서 지내야 한다. 초조한 마음을 억누르며 기괴한 모습으로 변한 가브리엘과 검을 주고받는데.

드디어 한계 가속 단계가 시작됐다. 앨리스는 '언더월드'에서 로그아웃에 성공한다. 하지만, 키리토는 가브리엘을 쓰러뜨렸지만, 로그아웃 시간을 초과해서 '언더월드'에 남겨진다. 절망하는 키리토의 앞에 자신의 의지로 남는 것을 선택한 아스나가 나타난다. 현실 세계에서는 히가와 키쿠오카가 긴급 가속 단계를 해제하기 위해서 케이블 덕트로 내려가 STL을 셧다운 하려고 하는데.

미국 국가 안전 보장국이 뒤에서 계획한 '라스 습격 사건'은 끝이 났다. 새롭게 발족한 해양자원 탐사연구기구의 대표로 취임한 린코는 앨리스를 진정한 범용 인공지능으로서 공표한다. 공표회에 모여든 기자들의 질문에 답하는 앨리스. 그리고 시논과 리파 일행은 다이시 카페에서 그 영상을 보고 있었다 하지만 그곳에 키리토와 아스나의 모습은 보이지 않았는데.

린코 박사는 카즈토에게 앨리스가 실종됐다고 연락한다. 초조해진 카즈토는 라스 롯폰기 지부로 향하려고 했지만 집을 나서려던 순간 현관의 인터폰이 울린다. 서둘러서 문을 열자 거대한 상자 하나를 가지고 온 배달원이 서 있었다. 상자의 송장에는 '해양자원 탐사연구 기구'라고 발신처가 인쇄돼 있었고, 수신인란에는 카즈토의 집 주소와 성명이 딱딱한 필적으로 적혀 있었다.