A rejtély

2036-ban Péter, Astrid, Walter és Etta kiszabadítják Oliviát a borostyánból. Miután megtürtént, felfedezik Olivia kezében tarja a megfigyelők elleni fegyver megtalásának a kulcsát. Waltert pedig elfogják.

Mivel a gondolategyesítő nem váltja be a hozzá fűzött reményeket, és nem sikerül kinyerniük Walter elméjéből a figyelők legyőzésére irányuló tervet, a csapat kénytelen más megoldást keresni. Walter azt javasolja, hogy menjenek be a harvardi laboratóriumába, hátha készített valamiféle feljegyzést annak idején, Etta azonban rossz hírt közöl: a Harvardot évek óta megszállva tartják a figyelők. Ám Walter ismer egy titkos alagutat, amin át bejuthatnak az épületbe.

A csapatnak sikerül kiszedni a borostyánból az egyik kazettát, amin Walter utasítást hagyott 2015-ben, és megtudják, hogy Pennsylvaniába kell menniük, megkeresni valamit. A koordináták által behatárolt helyen azonban csak erdős területet találnak, és teljesen tanácstalanok, hogy hogyan tovább. Ekkor azonban fura külsejű erdei emberek elfogják, és a táborukba vezetik őket, ahol a vezetőjük felismeri Waltert, Oliviát és Petert, mint az eredeti Rejtély-csapat tagjait.

Peter bemegy a városba benzint szerezni, és közben útba ejt egy boltot is, hogy nyakláncot vegyen Ettának. Azonban egy figyelőnek gyanús lesz, és olvasni akar a gondolataiban, amit Peter sikertelenül próbál megakadályozni, így a figyelő megtudja, hogy Etta is a szökevényekkel van. Ráadásul az egyik lojalista tiszt, aki valójában az Ellenállás tagja, megbukik a biztonsági ellenőrzésen, és miközben kivallatják, további adatokat tudnak meg az Ellenállásról. A csapat fülest kap, hogy a figyelők rájöttek, hogy a Harvard Egyetem laborjában vannak, ezért kénytelenek beborostyánozni a labort, és elmenekülni onnan.

Míg Olivia, Peter és Walter Etta lakásán vannak, Astrid továbbra is a kazetták kiszabadításával foglalkozik a laborban. Azonban robbanásveszélyes anyagokat talál, amit Walter hagyott ott még régen, ezért egy időre fel kell függesztenie a munkálatokat. Anil és társai elfognak egy figyelőt, akinél egy olyan szerkezet van, ami féreglyukat nyit a jelen és a jövő közt, amit a figyelők szállítófolyosónak használnak. Peternek az az ötlete támad, hogy az eszköz segítségével tegyék tönkre a szállítófolyosót.

Walter ismét kiszabadít egy kazettát a borostyánból, és az útmutatása alapján egyedül elindul, hogy megtalálja a terv következő részét. Egy olyan épületbe vezet az útja, amit már 20 évvel korábban megrongált a figyelők egy fénybombája, így az épületben található lakásba nem könnyű bejutni. A helyszínen Walter belép egy úgynevezett zsebuniverzumba.

Peter, a figyelők technológiájának köszönhetően, jövőbe látó képessége segítségével merényletet tervez a megszállók ellen. Eközben a csapat megnézi az ötödik kazettát, és az utasításoknak megfelelően elindulnak megkeresni egy újabb eszközt. Azonban azt az épületet, ahol elrejtették, már lerombolták, és a törmelék eltakarításához olyan csúcstechnológiára van szükségük, amit csak Nina Sharptól tudnak megszerezni.

Peter arra törekszik, hogy megölje Windmark parancsnokot. Olivia egy tárgy után kutat, ami segíthet egy harcban, ami elvezeti e titokzatos nőhöz...

A zsebuniverzumban talált rádió elkezd jeleket sugározni, de a csapat nem tud segítséget kérni Waltertől a dekódoláshoz. A csapat többi tagja Anil segítségével behatárolja a helyet, ahonnan a rádiójel ered, és Peter elindul Oliviával megkeresni az adás forrását. A jel egy erdőbe vezeti őket, ahol néhány figyelő, lojalista és ellenálló csontvázára bukkannak.

A Rejtély csapat megpróbál kommunikálni a figyelő gyermekkel, Michaellel, hogy megtudjanak valamit Szeptember tervéről, vagy a Donald nevű emberről, de a fiú nem reagál. Olivia felhívja Nina Sharpot, és segítséget kér tőle, ő pedig elviszi a csapatot egy titkos laboratóriumba, ami a Massive Dynamicsé volt, és ahol figyelőkkel kísérleteztek.

Walter ráébred, hogy a látomások, amiket Michaeltől kapott, valójában a tudatalattijából származnak, ezért befekszik az izolációs tartályba, hogy további részletekre is fényt derítsen. Walter újraéli a Donalddel való találkozását, és rájön, hogy egy lakásban történt, New York keleti részén. A csapat felkeresi a helyszínt, ahol megtalálják a Donald O'Connor néven élő szeptembert.

Miután Michael feladja magát Windmark kapitánynak, egy szigorúan őrzött intézménybe viszik, ahol megpróbálják tanulmányozni, de rádöbbennek, hogy képtelenek olvasni az agyában. Alaposabb vizsgálat után rájönnek, hogy az intelligenciája meghaladja a figyelőkét, ezért Windmark visszatér 2609-be, és azt javasolja felettesének, hogy a biztonságuk érdekében öljék meg a fiút. Broyles ügynöknek sikerül kiderítenie, hol tartják fogva Michaelt, és értesíti a Rejtély-csapatot.

A csapat olyan eszközt próbál készíteni, aminek a segítségével Michaelt el tudják küldeni 2167-be, hogy megakadályozza az emberek figyelőkké válását. Ehhez egy féregjáratot akarnak nyitni, és segítséget kérnek Decembertől, azonban mielőtt átadhatná nekik a szükséges alkatrészt, megölik a lojalisták. Mivel 2036-ban nem létezik megfelelő technológia, Astrid felveti az ötletet, hogy a figyelők egyik szállítófolyosóját használják fel a saját céljaikra.